有一些男性不育症患者是器质性病变，无法通过药物解决，只能采取手术治疗的方法。手术治疗主要有以下几类：

(1)生殖器畸形或发育异常：常见的有隐睾、尿道狭窄、尿道瘘、尿道下裂、尿道上裂和严重的阴茎硬结症等。

(2)梗阻性无精子症：包括输精管、精囊先天缺如而引起的梗阻性无精子症；输精管节段性不发育；输精管医源性损伤或结扎；射精管口先天性狭窄等。

(3)精索静脉曲张：在男性不育症中，精索静脉曲张的发生率高达20%～35%，采用精索内静脉高位结扎治疗，可使部分患者恢复生育能力。

(4)器质性性功能障碍：包括因阴茎严重创伤、骨盆骨折、血管性因素(如静脉瘘)或神经性疾病引起的勃起功能障碍，以及一些因器质性病变引起的逆行射精患者。